马其顿杯共分5轮进行，三十二强采取一场决胜负的淘汰制，倘若90分钟打平进行加时赛，加时赛打平则以互射点球分胜负；十六强，八强和半决赛采取两回合主客场淘汰制，如果两回合总计入球数相同则计算客场入球，若仍未能分出胜负则须加时再决胜负，倘若加时赛打平则以互射点球分胜负；决赛于中立场进行，90分钟打平进行加时直至点球决出冠军。